Resumen

Durante el desarrollo embrionario animal, la expresión génica tiene que regularse muy estrictamente en espacio y tiempo para generar la variedad de tipos celulares que componen los tejidos animales. El objetivo de nuestra línea de investigación es esclarecer la relación entre la estructura 3D del genoma y la regulación génica durante las decisiones de destino celular que ocurren en el desarrollo embrionario. Estamos interesados en conocer el papel que juegan los factores de transcripción especificadores de linaje y su conexión con la dinámica de interacciones entre enhancers y promotores.

Utilizando el pez cebra como sistema modelo principal, combinamos técnicas de vanguardia de captura de conformación cromosómica, transcriptómica, epigenómica (ChIP-seq, ATAC-seq, RNA-seq, HiC, HiChIP, UMI-4C) y tecnologías de célula única con estudios funcionales utilizando sistemas CRISPR-Cas, para comprender estos procesos en un contexto in vivo y sus implicaciones para las enfermedades genéticas humanas.

Cinco publicaciones relevantes

Franke M, De la Calle-Mustienes E, Neto A, Almuedo-Castillo M, Irastorza-Azcárate I, Acemel RD, Tena JJ, Santos-Pereira JM* and Gómez-Skarmeta JL. 2021. CTCF knockout in zebrafish induces alterations in regulatory landscapes and developmental gene expression. Nature Communications 12:5415. Más

Tena JJ* and Santos-Pereira JM*. 2021. Topologically Associating Domains and Regulatory Landscapes in Development, Evolution and Disease. Frontiers in Cell and Developmental Biology 9:702787. Más

Gallardo-Fuentes L, Santos-Pereira JM* and Tena JJ*. 2020. Functional conservation of divergent p63-bound cis-regulatory elements. Frontiers in Genetics 11: 339. Más

Santos-Pereira JM, Gallardo-Fuentes L, Neto A, Acemel RD, and Tena JJ*. 2019. Pioneer and repressive functions of p63 during zebrafish embryonic ectoderm specification. Nature Communications 10:3049. Más

Moreno-Oñate M, Gallardo-Fuentes L, Martínez-García PM, Naranjo S, Jiménez-Gancedo S, Tena JJ and Santos-Pereira JM*. Rewiring of the epigenome and chromatin architecture by exogenously induced retinoic acid signaling during zebrafish embryonic development. Nucleic Acids Res. 2024 Feb 7:gkae065. Más

*Autores de correspondencia.

Componentes del grupo

Colaboradores